車端部の3人がけ座席まわりは川崎重工製と東急車輛製で若干異なっているため、それぞれ分けて紹介します。
まずは川崎重工製から。こちらは車端部の壁側に、ドア脇の仕切と同じ“くぼみ”（ゆがんだ五角形のモノがそれ）がついているのが最大の違いしょうか。そのほか、目に付く限りでも「貫通扉上のカバー類の形状」「写真左上のキセボックス（車両番号を記載してある場所）」の形状などが、（後述する）東急車輛製のそれとは異なっています。
なお、E501系は209系から引き続いてモーター車のユニット間は貫通扉が設けられていません。「2両1組で使用するモーター車は原則切り離すことがないため、貫通扉は不要」という発想だったようですが、外気がホロから流れ込んできて空調の効きに影響したのか、後年のE231系以降では全車に貫通扉が付くようになりました。

続いて東急車輛製。こちらは比較用に、貫通扉のある車両で撮影しています。
座席まわりは共通ですが、貫通扉上のカバー形状や、車端部壁の処理に注目です。ぜひ上の「川崎重工製」のそれと見比べてみてください。

変わってこちらが優先席の区画です。こちらもまずは川崎重工製から。基本的な違いは先述の「車端部」で紹介した通りです。

で、こちらが東急車輛製のそれ。座席とは何も関係ありませんが、上の川崎重工製の車内で撮影した優先席も含め、座席モケットの“色味”が左右で明らかに違うのは、単なる個体差なのでしょうか。後述しますが、「座席の色味の違い」は優先席だけでなく、一般席の区画でもチラホラ見受けられました。
E501系、元々の車両数が少ないので、「少ない交換部品で何とか維持」している状況なのかもしれません。

一般席区画と優先席区画で、特に「色の個体差」が激しかった区画をご紹介します（笑）。
一般席区画（左）は、写真左の座席がかなり色あせているのに対し、右側の手前5人分はやけに色味が濃いのがお分かりいただけるかと思います。優先席はもう言うまでもないでしょう。実際に見ると、写真で見る以上の違いがありました。色の濃い方が比較的モケットの手触りが滑らかだったので、これが本来の色味なのかもしれません。

閑話休題。E501系はトイレ非設置でデビューしましたが、2007年の土浦以北への転用に伴って10両編成の両先頭車・5両編成の1号車にトイレが設置されました。これにより、かつて車端部にあった優先席区画がなくなってしまうことから、トイレ脇の7人がけロングシートは、そのうちトイレ寄り2人分を優先席としています。
写真がその様子。該当の箇所はつり革も優先席仕様の黄色いものに交換されています。

トイレの向かい側は、車いすやベビーカーの利用者向けのフリースペースとなっています。向かい側がトイレで照明が少ないこともあり、夜間はかなり薄暗い空間になりますが…（苦笑）。

天井（左）と荷物棚のアップ（右）。デビュー当時から大きく変わったと思われる点は見られません。ラインデリア（天井中央の送風機）は、経年のためか本体がだいぶ黄ばんでしまっていますねぇ。

JR東日本では車内のセキュリティ向上の観点から、車内防犯カメラ設置を進めていますが、E501系もその対象となり2019年頃から順次カメラが設置された車両が出ています（左）。写真がその様子で、他の従来車と同じく蛍光灯ユニットに後付けする形で設置されました。
（右）は座席下ヒーターの様子。この車両が上野に顔を出していたころから、イマイチ効きの悪いヒーターだったと記憶しているのですが、現在もその「イマイチ」さは健在のようです。半自動ドアのないこの車両に真冬に乗れば、毎駅すべてのドアが開く度に容赦なく吹き込んでくる冷気と相まって、「車内にいるのに凍える」という珍しい経験ができます（苦笑）。

E501系は車体の構造が209系ベースなのは先述の通りですが、かつては車端部3人がけ部分の小さい窓のみが開閉可能で、その他は全て固定窓となっていました。しかし、>>2005年に京浜東北線がラッシュ時に長時間立ち往生（ウラ3の項）した時に体調不良者が多数出たことを教訓に、「固定窓」の車両は側窓の開閉化工事を行うこととなり、E501系もその対象となりました。
写真は従来からの固定窓（左）と開閉化改造後の窓（右）です。工期や改造費用を短縮するため、窓を2分割して片側のみ開閉可能としています。
当時は応急的な処置だったようですが、2020年以降のコロナ禍で「三密の回避」が求められるようになり、この改造が功を奏すこととなりました。なお、写真は撮影のために閉めていますが、終了後に元通り開けています。念のため。

つり革の様子。一般席（左）と優先席（右）となります。近年交換された優先席のそれはともかく、一般席のつり革は登場当初から変わっていないと思われます。

川崎重工製（左）と東急車輛製（右）の相違点のうち、撮影しながら目についた点を紹介します。まずは車端部の妻面。川崎重工製（左）は、カギで開けられるタイプの扉（キセ蓋と言うようで、スイッチ類が入っているようです）の上に車号表示のシールが貼られています。他方、東急車輛製（右）はこの部分にキセボックスがそもそもないらしく、車号表示の周りはすっきりしています。
だから何…？と言われると返す言葉もありませんが（笑）、気になったポイントなので紹介してみました。（左）のキセ蓋は、その昔209系の川崎重工製でも見られた仕様です。

ドア上のドアコックのフタも製造メーカーにより形状が異なっており、川崎重工製（左）と東急車輛製（右）です。東急車輛製（右）の車両には、かも居部の広告枠下に出っ張りがありますが、最近の車両で見られるような「最混雑時に掴むための場所」として使うにはサイズが小さすぎた感があるので、恐らく単なるデザインと思われます。

常磐線ローカル運用への転用に伴って新たに設置されたトイレの様子。全景（左）と内部（右）です。後付けの割には、「いかにも後からつけました」という感はなく、自然に溶け込んでいるように感じます。
見た目こそけっこう新しい（というか設置が2007年なので当然ですが）のですが、洗浄方式はなぜか昔ながらの循環式で、トイレ付近は洗浄液の臭いがほのかに漂います（苦笑）。

トイレの設備まわりをアップで。まだ「非接触式ボタン」という発想がなかった頃の設置なので、トイレの「ながす」や扉の開閉はボタン式です。

最後におまけとして、取材後に時間が余ったので適当に撮影していた写真をご紹介。蛍光灯に照らされるE501系（左）と、車内と走行中の様子を撮影した動画（右）。写真では伝わり切らないE501系の車内の様子をお楽しみください。
「どうせ4ドアの銀色の電車でしょ？」と言うなかれ。E233系やE235系に見慣れた今、改めて乗ってみると随所に「レトロ（もはやE系列にこの言葉を使う日が来るとは）」な点が見受けられるのが面白いところです。引退フィーバーが始まる前に、また改めて訪れたいですね。